女医明妃传第47集剧情介绍 “黑死病”肆虐京城
流年旅人祁雨心里知道皇帝有意庇护云仙的人才，打算命令他们向东洋于超唐学习，所以他更加厌恶云仙，把她关在万安宫。
南京水灾后，发生了一场瘟疫，疫情蔓延到北京。在北京，疫情处于危险之中。祁雨在太监的唆使下，想趁乱借东厂之手，除掉孙太后所用的五城兵马中的白晋。没想到，被逼的白晋不但带了大部分兵马出城，还锁了城门。北京死于疫情的尸体无法运出城门安葬，疫情变得更加难以控制。甚至内宫都能听到人们的哭声。
王梅林建议祁雨和太后到内宫太岳池的岛上避难。东洋劝祁雨此时坐在干清宫，祁雨却告退了。齐豫想去万安宫见云仙，但王梅林催他先走，说要派人去见云仙。云仙带着王梅林安排的船上的宫女青香去岛上，船到了水中央。船上的小太监想把船弄沉。云仙虽然用木板打掉了太监，但船已经在水里摇摇欲坠，所以云仙和绿香掉进水里，差点淹死。幸运的是，他们被两个著名的女士在帝国药房找到，用麻绳救了出来。
云仙带着御药房的女人出宫，和太医院、惠民药房的人一起治疗瘟疫。云仙发现瘟疫的症状和瓦拉蒙医黑死病以及她所说的很像。他记得蒙医用大黄煎剂治疗瘟疫，所以打算用这种方法治疗瘟疫。起初神医们质疑，但被医院判刑的程存夏同意并采纳了云仙的建议。云仙看到一个老人喉咙被粘住了痰，想用嘴给老人吸痰。这时，皇帝突然打开云仙，用手指给老人挖痰。原来北京发生瘟疫后，镇守南宫的宦官逃亡，皇帝才得以离开南宫去北京查瘟疫。其次，他希望在治疗瘟疫的医生中看到云铉。
商皇帝和郧县在城里辛辛苦苦治瘟疫，深得民心。商皇帝被百姓和朝臣视为瘟疫治疗的中坚力量，云仙则因其手好、心地善良而被百姓视为观音后裔。在泰医院男医生和皇家药房女医务人员的共同治疗下，北京疫情得到了有效控制。云仙突发奇想，提议带领所有女医务人员，在师兄的嘱咐下，与泰医院一争高下，看哪一方能治好更多的病人。
郧县突然身体不适，怀疑感染了流行性疾病。皇帝很担心。他用手摸了摸云仙的额头，看她有没有发烧。齐豫得知疫情有所缓解，出去查看。他看到皇帝对云仙做了一个亲密的举动，立即打开了它。齐豫吩咐程存霞给云仙把脉，程存霞诊断云仙没有感染疫情，齐豫和众人在她怀孕的时候都很开心。
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